Ekonomické oddělení zajišťuje kontrolu, evidenci a vystavování objednávek a faktur, jejich zpracování a řádné zaúčtování v účetních systémech. Jeho odpovědností je také sledování a evidování plateb dodavatelských faktur a převodů na účet. Spravuje fungování pokladny, zajišťuje valuty pro zahraniční služební cesty a provádí vyúčtování všech cestovních příkazů. V oblasti ekonomiky aktivně spolupracuje s řešiteli projektů. Dále zpracovává dokumentaci týkající se hmotného a nehmotného majetku a připravuje měsíční a roční uzávěrky.