Vědecko-výzkumná činnost na PdF UP je soustředěna v širokém spektru edukačních věd, a to jak učitelských, tak neučitelských. Spektrum se rozprostírá od obecné pedagogiky a didaktiky přes různé specializace v pedagogice, např. speciální pedagogiku, sociální pedagogiku aj., až po jednotlivé oborové didaktiky. Vzdělávání budoucích učitelů, formování české edukační reality a rozvoj vzdělávací soustavy České republiky na základě vědeckých důkazů patří k prioritám fakulty. Důraz je kladen na excelenci ve výzkumu, interdisciplinaritu poznání a internacionalizaci bádání.
Oddělení pro vědu, výzkum a doktorská studia poskytuje podporu akademickým pracovníkům a doktorandům při realizaci externích projektů tuzemských a zahraničních poskytovatelů (TA ČR, GA ČR, MŠMT, ERASMUS, Norské fondy, Visegrad fund a jiné), projektů smluvního výzkumu a taktéž interních grantových schémat – celouniverzitní studentské soutěže IGA (podpora specifického výzkumu doktorandů a akademiků), Grantového fondu děkana ad. Oddělení zajišťuje administraci rigorózního řízení, ve spolupráci s kanceláří děkana pak profesorských a habilitačních řízení a veškerou agendu Vědecké rady PdF UP.
PdF UP má akreditováno sedm doktorských studijních programů v českém jazyce a tři doktorské studijní programy v anglickém jazyce. Doktorské studium je zaměřeno na vědecké bádání a samostatnou tvůrčí činnost talentovaných studentů, budoucích akademických pracovníků, a je proto vhodné zejména pro uchazeče, kteří chtějí přispět k rozvoji vědy nebo přemýšlejí o kariéře v akademické sféře. Cílem doktorského studia je připravit vzdělané odborníky schopné samostatné vědecko-výzkumné práce. Více o doktorských studiích ZDE.