Sekretariát děkana plní klíčovou roli při zabezpečení plynulého chodu kanceláře děkana a tajemníka fakulty. Řeší organizační a administrativní úkoly související s výkonem funkce děkana a tajemníka (zprostředkování jednání děkana se zaměstnanci a organizacemi, evidování úkolů, sledování jejich plnění a informování děkana, tajemníka a dalších zaměstnanců apod.). Sekretariát dále zajišťuje řešení záležitostí spojených s přijímáním, oběhem, vyřizováním, podepisováním, odesíláním dokumentů. Mimo to má na starost zpracování podkladů a zajištění zápisů z jednání a porad, rezervaci zasedacích místností na děkanátu, pomoc při plánování akademických událostí a programů a aktualizaci informací na webových stránkách fakulty.